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新皇登基，朝廷迁都，太皇太后垂帘听政，随后便是一堆懿旨给朝臣赏善罚恶加官进爵，把勤王反正有功的文武纷纷拔擢到要害位置之上。
不过短短十几日，丹阳朝廷就显示出了一副新气象，杨广留下的文武朝臣当中，与萧铣相对不合的那些官员，凡是没有直接掌握兵权的，都被悄然无息地做了调整，而手握兵权的那些，若是没有和宇文化及兵变有牵扯的，便安抚暂且留下，若是有些瓜葛或者逮到证据证明其曾经主动附逆的，则纷纷用雷霆手段惩戒。
如此一番整合，朝中也确实没有军头有能耐掀起风浪反抗了。因为萧铣原本手下不算地方二线卫戍部队，就有将近十万的江东军精锐嫡系部队——包括来护儿当年远征高句丽时剩下的淮海行营主力班底、江东本地以租庸调法拉起来的常年募兵形态的东阳兵、还有历次从刘元进、林士弘农民军俘虏中大浪淘沙留下的善战力量。
江都兵变前后这个把月的剧变，让萧铣在连横合纵之余，势力又得到了极大的膨胀。现今丹阳朝廷控制的中央军事力量，相比于萧铣原本只能控制江东军时，又整合进来三部分兵力。
首先便是江都朝廷原本控制的江淮旧府兵，也就是如今已经交给麦孟才统帅的右屯卫，经过最后江都城内的混战后，右屯卫还有一万人马左右剩余，人数相对而言最少。不过考虑到江都之战中，其他投靠萧铣的各军也都有伤损，在与宇文化及混战的过程中，战死与残废的士卒加起来也超过了万人，所以为了省事儿起见。萧铣便决定把右屯卫旧军编制就此拆散，充实到别的投效的部队中去，保持别的部队齐装满员。不过为了安抚其高层，所以麦孟才兄弟、钱世雄等右屯卫将领都是保留待遇，平级调动到别的军队中去。
其次，也是最大的一股新纳入萧铣麾下的部队。便是骁果军了——确切的说，是宇文化及为首的关陇兵集团集体逃亡反叛后，剩下的那股只有不到十万人的骁果军。在是否保留骁果军名号编制的问题上，萧铣思之再三，最后觉得为了求稳还是保留的好，也就是说，在定性江都兵变的问题上，把一切罪责都往宇文化及等七家参与首谋的将门身上定，而不是把骁果军整体一刀切地打为叛军。
这个措施当然让此前还颇为人心惶惶的骁果军迅速安定了下来。这一部分骁果军也有三方来源。
第一部分便是沈光的人马。都是生长于关中的南方侨民——比如沈光本人，就是出生于吴兴，妥妥的祖籍江浙人士，但是其成长经历则是大半在大兴城渡过，究其原因，便是当年隋灭南陈的时候，有很多南陈故地的豪族因为被隋文帝杨坚以地方安定因素考虑，害怕吴人盘根错节不服朝廷。所以就把他们大量迁移到关中居住。
这种事情其实历代开国封建帝王都是经常做的，比如秦始皇灭六国后。把六国贵族大量迁移到咸阳；汉高祖刘邦立国后，也迁移关东豪族十余万户充实长安，这些都是为了瓦解此前别国割据势力对抗中央的力量而已。隋朝灭陈的时候，天下毕竟已经经过了三百多年的大分裂，吴人不服北人是很严重的，所以迁移吴人当中的精英到关中监视居住。也就正常不过了。然而也正是如此，导致沈光为代表的这些人虽然生长在关中，但其根不在关中，所以谈不上乡土之情，所以杨广准备迁都回到丹阳的时候。这些人虽然是从关中跟来的，心中却无不欢欣鼓舞，极力支持，从这些人当中选出的兵源所构成的骁果军一部，也就只能称其为“侨军”。如今萧铣革故鼎新，正式完成了杨广的迁都遗志，这些部队自然向心力就更强大了。
除了沈光军构成比较复杂之外其余张童儿和樊文超为首的那些骁果军部队就比较清晰了，樊文超是樊子盖的儿子，他的部队都是杨广留在东都洛阳时期就地募集的河洛兵，如今经过混战还剩下四五万人光景。张童儿的则是杨广到了扬州后募集的，原本战前规模达到了八万人，但是兵员素质和训练实在是骁果军各部当中最烂的，江都兵变一番混战后又逃散了不少，萧铣接手后好生考察了一番，决定还是走精兵路线去芜存菁，经过一番精简后，也裁汰到了五万人左右，同时张童儿实在算不得什么名将之才，他手下兵又多，自然被萧铣大量掺沙子进去，把指挥体系尽快控制了起来。
如此盘算一番，目前萧铣手下的一线正规军，也就膨胀到了二十四万人左右——江东军旧部三部分加起来十万人，骁果军中沈光部侨军两万多人，樊文超河洛兵五万人，张童儿江淮兵五万人，然后还有一万多是右屯卫麦孟才打散后充实到别的部队中去的，以及极少数的、总数不到万人的骁果军关中兵俘虏——毕竟关中兵十几万人，经过扬州之战后也有大量被萧铣军俘虏的，关中兵也并不是所有人都是因为老家在关中就非要跟着宇文化及一条道走到黑。尤其杨广当初给关中兵赏赐江南女子为妻妾，试图让他们在南方重新扎根的举措，如今也好歹起了一些效果，所以从士兵层面感化过来一些人也是很顺理成章的事情，而且这样收编过来的部队因为其原本的指挥层级体系已经彻底消失了，使用起来时更加可以哪儿需要往哪儿搬。
这二十四万人，可以说是大隋朝廷架子被萧铣搬空之后，留下的全部军事精华了，在北方虽然还有薛世雄、罗艺等打着大隋旗号的官军在抗击农民军，但是整个天下，大隋的军事力量已经不会超过三十万人，其中八成都在萧铣手上了——至于东都的王世充，如今虽然也还颇有兵力，但萧铣显然不会认为王世充的部队有资格算大隋官军了。谁都知道只要杨广遇害的消息传到了地方，王世充会做出什么举动来。
……
将丹阳朝廷的百官和军事整顿重编之后，大业十二年的八月终于过去了，随着时间转入九月，萧铣开始着手操办两件杨广死前遗留下来的的烂事儿。
首先第一件，便是宇文化及残部北逃后。经过半个多月缺粮无补给的流窜之后，终于在两淮地界被农民军的汪洋大海所吞没，宇文化及本人授首后，其尸身被萧铣为代表的朝廷赎回。
那个走运的、斩杀了宇文化及的农民军头目，便是山阳郡地界的军阀苗海潮，其地盘也就是位于邗沟与淮北之间。苗海潮只能算是一个二流贼头，大业九年时候就已经混不下去没法自立门户，投靠到了杜伏威名下，从此半独立地在杜伏威手下被呼来喝去调遣。唯一一点自主权便是其带进来的嫡系部队可以保持原有编制和指挥体系而已。
苗海潮在杜伏威手下混得也很是不爽，加上大业十二年上半年时候，杨广当时为了筹措迁都，指示萧铣和陈棱南北夹击杜伏威，当时杜伏威的日子很是难过了一阵子，完全是靠后来大量江淮百姓被杨广的“献食”重新逼反后才挺过来的。但是苗海潮既然已经是半独立姿态的了，收纳流民和新军兵源这种好事自然轮不到他，而打仗流血死人这种事情。杜伏威辅公佑才会优先想到苗海潮，一来二去。苗海潮在农民军当中受气的情况就更严重了。